Sono strumenti finanziari gestiti dalla Commissione europea per realizzare la coesione economica e sociale di tutte le regioni dell'Unione e ridurre il divario tra quelle più avanzate e quelle in ritardo di sviluppo. I Fondi strutturali per il 2000-2006 sono il FESR (Fondo Europeo di Sviluppo Regionale), il FSE (Fondo Sociale Europeo), il FEAOG (Fondo Europeo Agricolo di Orientamento e Garanzia) e lo SFOP (Strumento Finanziario di Orientamento alla Pesca).

I Fondi che riguardano il programma operativo nazionale (pon) "la scuola per lo sviluppo" sono:

• Fondo Sociale Europeo (FSE)
  Serve a finanziare gli interventi nel campo sociale ossia tutto ciò che concorre a sostenere l'occupazione mediante interventi sul capitale umano e quindi in prima battuta la formazione dei cittadini: dallo sviluppo delle strutture adeguate alla formazione ai programmi di formazione continua, da,la creazione delle figure professionali dei formatori, all'aggiornamento delle competenze dei funzionati della pubblica amministrazione., i beneficiari sono, in primo luogo i giovani, le donne, gli adulti che entrano o che rientrano nella vita attiva, i disoccupati di lunga durata, gli occupati a rischio di espulsione dal mercato del lavoro, i gruppi a rischio di esclusione sociale.
• Fondo Europeo di Sviluppo Regionale (FESR)
  Con queste risorse l'unione finanzia gli interventi infrastrutturali e tecnologici nei settori della comunicazione, energia, istruzione, sanità, ricerca ed evoluzione tecnologica.

Per il periodo 2000-2006 gli obiettivi prioritari dei Fondi Strutturali sono tre:

• OBIETTIVO 1
  Promuove lo sviluppo e l'adeguamento strutturale delle regioni che presentano ritardi nello sviluppo. Sono interessare a tale obiettivo le regioni il cui PIL è inferiore al 75% della media comunitaria. Per l'Italia esse coincidono con le regioni Basilicata, Calabria, Campania, Puglia, Sardegna e Sicilia.
• OBIETTIVO 2
  Favorire la conversione economica e sociale delle zona con difficoltà strutturali.
• OBIETTIVO 3
  Favorire l'adeguamento e l'ammodernamento delle politiche e dei sistemi di istruzione, formazione e occupazione in tutti i territori che non fanno parte dell'Obiettivo 1.

Il PON Scuola attinge ai finanziamenti previsti per l'Obiettivo 1 ed è uno dei Programmi individuati nel Quadro Comunitario di Sostegno Obiettivo 1 (QCS) che è il documento di programmazione delle risorse finanziarie destinate alla regioni italiane.
Oltre al PON Scuola vi sono altri 6 Programmi Operativi Nazionali e 7 Programmi Operativi Regionali (POR), uno per ciascuna delle 6 regioni dell'Obiettivo 1 e uno per il Molise, cui è stato accordato il sostegno transitorio.